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Document Type: Dissertação
Title: Análise transcriptômica comparativa da infecção por papilomavírus bovino
Other Titles: Comparative transcriptomal analysis of bovine papilomavirus infection
Authors: Barros, Gerlane dos Santos
Issue Date: 23-Feb-2018
Advisor: Batista, Marcus Vinicius de Aragão
Resumo : O papilomavírus bovino (BPV) é o agente causador da papilomatose no gado. A doença causa lesões cutâneas e mucosas que podem ser minimizadas ou levar ao aparecimento de tumores malignos. Ocorre no Brasil e em vários outros países, afetando principalmente os animais jovens. Além da aparência desagradável do animal afetado pela papilomatose cutânea, o problema pode causar danos incalculáveis aos diferentes criatórios, principalmente no que diz respeito à diminuição da produtividade. Sabendo que o Brasil é um dos grandes produtores de carne e leite do mundo, este estudo busca identificar possíveis mecanismos moleculares que estão por trás dos processos patológicos associados à papilomatose bovina através da identificação de genes relacionados ao desenvolvimento das lesões. Para isso, sequenciamento de RNA de nova geração foi utilizado para avaliar genes diferencialmente expressos em bovinos infectados e não infectados por BPV. Foram estudados três animais com lesão papilomatosa e três sem lesão. A plataforma Galaxy foi utilizada para análise dos dados gerados pelo sequenciamento. Os arquivos de saída Illumina foram convertidos em formato de arquivo FASTQ. Avaliação de qualidade foi realizada utilizando FastQC e o corte de qualidade de sequência foi realizado usando Trimmomatic, TopHat e Bowtie foram utilizados para mapear e alinhar os reads com o genoma de referência. A abundância dos genes expressos foi verificada utilizando Cuffilinks. Para análise da expressão diferencial foi utilizado Cuffdiff. A anotação funcional dos genes diferencialmente expressos foi realizada utilizando o banco de dados do Gene Ontology (GO). O sequenciamento de RNA gerou um total de 121.722.238 reads. Na análise de expressão gênica foi identificado um total de 13.421 genes expressos e destes 1343 foram diferencialmente expressos. A anotação funcional dos genes diferencialmente expressos mostrou que muitos genes apresentaram funções ou estavam relacionados a vias metabólicas associadas à progressão de lesões de papilomatose e desenvolvimento de câncer em bovinos. Embora sejam necessários mais estudos, este é o primeiro estudo que se concentrou em uma avaliação em larga escala da expressão gênica associada à infecção por BPV, o que é importante para identificar possíveis mecanismos regulados pelos genes hospedeiros que são necessários para o desenvolvimento da lesão.
Abstract: Bovine papillomavirus (BPV) is the causative agent of papillomatosis in cattle. The disease causes cutaneous and mucosal lesions that can be minimized or lead to the appearance of malignant tumors. It occurs in Brazil and in several other countries, mainly affecting young animals. In addition to the unpleasant appearance of the animal affected by cutaneous papillomatosis, the problem can cause incalculable damage to the creative differences, especially in regard to the decrease of productivity. Knowing that Brazil is one of the great producers of meat and milk in the world, this study aims to identify possible molecular mechanisms that are behind the pathological processes associated with bovine papillomatosis through the identification of genes related to the development of the lesions. For this, next-generation RNA sequencing was used to assess differentially expressed genes in infected by BPV and non-infected bovines. Three animals with papillomatosis lesion and three without papillomatosis lesion were studied. The Galaxy platform was used to analyze the data generated by the sequencing. The Illumina output files were converted to FASTQ format. Quality evaluation was performed using FastQC and the sequence quality cut was performed using Trimmomatic. TopHat and Bowtie were used to map and align the reads with the reference genome. The abundance of the expressed genes was verified using Cuffilinks. Cuffdiff was used for differential expression analysis. Functional annotation of the differentially expressed genes was performed using Gene Ontology (GO) databases. RNA-sequencing generated a total of 121,722,238 of reads. In the gene expression analysis, a total of 13,421 genes expressed were identified and of these 1343 were differentially expressed. The functional annotation of differentially significant genes showed that many genes presented functions or they were related to metabolic pathways associated with the progression of papillomatosis lesions and cancer development in cattle. Although more studies are needed, this is the first study that focused on a large-scale evaluation of gene expression associated with the BPV infection, which is important to identify possible mechanisms regulated by the host genes that are necessary the development of the lesion.
Keywords: Relações hospedeiro-parasita
Papilomavírus bovino
Expressão gênica diferencial
RNA-seq
Interação parasito-hospedeiro
Bovine papillomavirus
Differential gene expression
Functional annotation
Host-parasite interaction
Subject CNPQ: CIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIA
Sponsorship: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
Language: por
Institution: Universidade Federal de Sergipe
Program Affiliation: Pós-Graduação em Biologia Parasitária
Citation: BARROS, Gerlane dos Santos. Análise transcriptômica comparativa da infecção por papilomavírus bovino. 2018. 55 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) - Universidade Federal de Sergipe, São Cristóvão, SE, 2018.
URI: http://ri.ufs.br/jspui/handle/riufs/10149
Appears in Collections:Mestrado em Biologia Parasitaria

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