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https://ri.ufs.br/jspui/handle/riufs/19732
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Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
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dc.contributor.author | Santos, Adriana Guimarães dos | - |
dc.date.accessioned | 2024-08-01T17:15:17Z | - |
dc.date.available | 2024-08-01T17:15:17Z | - |
dc.date.issued | 2023-08-01 | - |
dc.identifier.citation | SANTOS, Adriana Guimarães dos. Análise comparativa de kits comerciais de RT-qPCR para o diagnóstico de SARS-COV-2. 2023. 92 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Sergipe, São Cristóvão, 2023. | pt_BR |
dc.identifier.uri | https://ri.ufs.br/jspui/handle/riufs/19732 | - |
dc.description.abstract | In 2020, o world was seen in the middle of a new coronavirus pandemic, named SARSCoV-2. With an initial focus in 2019 in Wuhan, China, quickly spread and now has more than 460 million cases around the globe, over 37 million cases registered only in Brazil, taking more than 703 thousand Brazilians to dead, according to data from Coronavirus Brasil. Facing this scenario the world saw the need to develop diagnostic techniques which attended in a better way the enormous global demand, among them stands out the RT-qPCR or Quantitative Polymerase Chain Reaction with Reverse Transcription due to its high sensitivity and specificity, considered the gold standard technique in COVID-19 diagnosis, however the technique has limitations and the kits performance can be affected by many factors such as inadequate collection, viral load variation and trials without sufficient clinical studies creating false negatives. Therefore, this trial aims to compare four RTq-PCR’s commercial kits of SARS-CoV-2 detection and verify their clinical performance. For this purpose, 200 nasopharyngeal swabs samples immersed in 3ml of 0,9% sodium chloride collected in January 2022 and store at -70ºC for viral conservation were used. The kits compared were QIA Prep&Amp Viral RNA UM Kit from Qiagen, Seegene Allplex™ SARS-CoV-2 Assay from Seegene, Molecular SARS-CoV-2 (EDx) from Institute of Tecnology and Immunobiologicals Bio-Manguinhos and BIOMOL OneStep/COVID-19 from Institute of Molecular Biology of Paraná- IBMP. The results revealed a significant difference between the performance of the kits, by the end of the comparison was found a percentage 66% of convergent samples and 34% divergent samples. The Ct value was also analyzed. A bivariate interferential statistical analysis used the NcNemar test to perform the association of results considering positive tests at least by 3 different kits demonstrating a sensitivity of 100% with Seegene with standart extraction metodology kit, 96,90% with Bio-Manguinhos kit, 93,02% with Seegene without standard extraction methodology kit and 86,82 with Qiagen and IBMP kits. The performance of these kits is weakened by the absence of genetic material extraction and purification processes, by the quality of the developed kits and the inadequate amount of target genes, causing significant numbers of false negative and positive results. | eng |
dc.language | por | pt_BR |
dc.subject | SARS-CoV-2 | por |
dc.subject | PCR | por |
dc.subject | Pandemia | por |
dc.subject | COVID-19 | por |
dc.subject | Diagnóstico | por |
dc.subject | Sensibilidade | por |
dc.subject | Pandemic | eng |
dc.subject | Diagnosis | eng |
dc.subject | Sensisivity | eng |
dc.title | Análise comparativa de kits comerciais de RT-qPCR para o diagnóstico de SARS-COV-2 | pt_BR |
dc.title.alternative | Comparative analysis of RT-qPCR commercial kits for SARS-COV-2 diagnostic | eng |
dc.type | Dissertação | pt_BR |
dc.contributor.advisor1 | Batista, Marcus Vinícius de Aragão | - |
dc.description.resumo | Em 2020, o mundo se viu em meio a uma pandemia do novo coronavírus, nomeado de SARS-CoV-2. Com foco inicial em 2019 em Wuhan, na China, a COVID19 rapidamente se espalhou e já conta com mais de 460 milhões de casos ao redor do globo, sendo mais de 37 milhões de casos registrados somente no Brasil, levando mais de 703 mil brasileiros a óbito, de acordo com dados do Coronavírus Brasil. Diante desse cenário, existiu à necessidade de desenvolver técnicas diagnósticas que atendessem da melhor forma a enorme demanda global, dentre elas se destaca o RT-qPCR ou Reação em Cadeia da Polimerase quantitativa com Transcrição Reversa devido sua grande sensibilidade e especificidade, sendo a técnica considerada padrão ouro no diagnóstico da COVID-19. Entretanto essa técnica possui limitações e o desempenho dos kits pode ser afetado por fatores como coleta inadequada, variação de carga viral e ensaios sem estudos clínicos suficientes, gerando falsos negativos. Perante o exposto, esse estudo tem como objetivo comparar quatro kits comerciais de detecção do SARS-CoV-2 por RTqPCR e verificar o desempenho clínico destes. Para isso foram utilizadas 200 amostras de swab nasofaríngeo imergidas em 3ml de cloreto de sódio a 0,9% colhidas em janeiro de 2022 e armazenadas a -70ºC para conservação viral. Os kits comparados foram o QIA Prep&Amp Viral RNA UM Kit da Qiagen, o Seegene Allplex™ SARS-CoV-2 Assay da Seegene, o Molecular SARS-CoV-2 (EDx) do Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos Bio-Manguinhos e o BIOMOL OneStep/COVID-19 do Instituto de Biologia Molecular do Paraná- IBMP. Os resultados revelaram significativa diferença entre o desempenho dos kits, ao final da comparação houve um percentual de 66% de amostras convergentes e 34% divergentes. A análise estatística inferencial bivariada utilizou o teste de McNemar para realizar a associação dos resultados considerando os testes positivos por pelo menos 3 kits diferentes demonstrando uma sensibilidade de 100% com o kit da Seegene com metodologia com extração padrão, 96,90% com o kit da Bio-Manguinhos, 93,02% com o kit da Seegene sem extração padrão e 86,82% com os kits da Qiagen e IBMP. Os valores de Ct dos genes alvo também são analisados. O desempenho desses kits é enfraquecido pela ausência de processos de extração e purificação do material genético, pela qualidade dos kits desenvolvidos e pela quantidade inadequada de genes alvos, ocasionando números significativos de resultados falsos negativos e positivos. | pt_BR |
dc.publisher.program | Pós-Graduação em Biotecnologia | pt_BR |
dc.subject.cnpq | OUTROS::CIENCIAS | pt_BR |
dc.publisher.initials | Universidade Federal de Sergipe (UFS) | pt_BR |
dc.description.local | São Cristóvão | pt_BR |
Aparece en las colecciones: | Mestrado em Biotecnologia |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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